Además de su trabajo en conciertos, Manuel siente una profunda pasión por la ópera. Para Universal Music Italia, dirigió y grabó el estreno mundial de la ópera recientemente orquestada Atahualpa de Carlo Enrico Pasta en Perú. Poco después, regresó a este país para Roméo et Juliette de Gounod con Juan Diego Flórez. El Festival de Ópera de Rossini en Pesaro lo invitó para una producción de Il Viaggio a Reims, mientras que la Orquesta Sinfónica de Kristiansand contó con él para Le Nozze di Figaro. Durante más de 15 años, Manuel trabajó codo a codo con Gustavo Dudamel en proyectos sinfónicos y operísticos como La Bohème, La Traviata y la Octava Sinfonía de Mahler.

Sinfonía en Caracas, Don Giovanni en Los Ángeles, las Sinfonías de Brahms en París y West Side Story con Cecilia Bartoli en el Festival de Salzburgo. En 2017/18, Manuel compartió con él la dirección musical de una nueva producción de La Bohème en la Ópera de la Bastilla en París.

 Habiéndose formado dentro de El Sistema, considera que la dedicación a los jóvenes y su formación musical es una responsabilidad fundamental en su profesión. Actualmente, cumple con este compromiso como Director Musical de la Orquesta Filarmónica Juvenil de Bogotá.